三峡大学基础医学实验中心是在原宜昌医学高等专科学校基础医学各实验室的基础上逐步建立和发展起来的。原宜昌医学高等专科学校于1996年同宜昌师范高等专科学校以及宜昌职业大学合并为三峡学院。2000年6月，三峡学院与武汉水利水电大学（宜昌）合并为三峡大学，三峡大学基础医学实验教学也经历了快速发展历程。
2001年学校决定成立基础医学实验中心；2003年集中一地办学后，制定并实施了基础医学实验中心改扩建方案；2004年，学校颁发《三峡大学关于调整基础课教学实验室和专业实验室建制的通知》（三大教字[2004]第21号文），对医学院原有基础医学实验中心予以调整，下设生物病原学实验室、机能学实验室、形态学实验室、化学与生物化学实验室。2005、2006年，又相继建立了分子生物学实验室、中药提取分离室等实验技术平台，在此基础上成立了基础医学实验中心的大学生开放创新实验室。目前，基础医学实验中心已初步形成集中基础教学实验、综合性设计性实验与开放创新型实验于一体的基础医学实验教学新模式。中心实行校、院两级管理和主任负责制。
目前实验中心已拥有实验用房面积1.1万m2，800元以上的实验教学设备和流式细胞仪、透射电镜等大型仪器设备1722台件，总价值1672.81万元。各实验室均配备了多媒体和网络化教学设备。中心教学面向临床医学、医学影像学、中医学、护理学4个本科专业、研究生、成教生、留学生等，每年完成实验人时数24.4万。
中心秉承三峡大学“厚基础、强能力、应用型”的教育理念和“以能力培养为核心”的实验教学观念，改变实验教学仅仅是验证和强化理论教学的观念，加大实验教学改革力度，加强学科交叉与融合，推进学科建设，使资源配置更加合理。中心在实验环节上增加了综合性、设计性实验，使学生掌握知识的能力、科学思维能力、实际动手能力、独立分析问题和综合性运用知识的能力都得到训练和提高，学生知识面更开阔，基础更扎实。在教学手段上，中心充分利用现代化网络和多媒体技术，使教学更加直观、形象和生动，加深了学生对所学内容的记忆，促进和培养了学生的学习动力和学习兴趣。中心坚持实验室开放制度，从开始的预约开放逐步到定时开放，最后部分实验室全天开放，满足了各类学生的需要。
中心十分重视实验教材建设。近年来主编、参编公开出版的实验教材11部，自编未公开出版实验教材和实验指导10余部，目前已形成了一套具有我校特色的、适合实验教学的教材体系。
中心十分重视高素质教师队伍的建设。近3年先后派出22人到美国、德国、日本等著名大学进修深造，同时大力引进博士、硕士到中心的教学科研一线，教学科研能力显著增强。目前，中心有专职教师46人，其中教授9人、副教授19人，具有博士学位者14人、硕士学位者18人，已形成了一支结构合理、实验教学和科研互通、专兼职结合的实验教师队伍，以及相对稳定的高素质实验技术队伍，成为培养应用型、创新型高层次人才的有力保证。
经过数年不懈努力，三峡大学基础医学实验中心取得了长足的进步，初步形成了教育理念先进、实验设施完善、队伍结构合理、教学特色鲜明的开放式基础医学实验中心。
